Le syndrome de MAT rencontré chez le patient allogreffé a été initialement considéré comme un PTT ayant la caractéristique d’être de mauvais pronostic car réfractaire au traitement classique. Cependant, l’étude de l’activité d’ADAMTS13 a révélé que cette dernière était systématiquement normale dans cette forme de MAT. Par conséquent, cette pathologie tend actuellement à être individualisée non seulement sur le plan thérapeutique et pronostique, mais aussi physiopathologique.
Ce syndrome de MAT particulier est favorisé par de nombreux facteurs  déclenchants, souvent associés entre eux. Ils comprennent les  conditionnements de la greffe comportant une irradiation corporelle  totale, les différentes infections survenant chez ces patients  immunodéprimés ou certains médicaments principalement la ciclosporine A  ou le tacrolimus (utilisés en prévention de la réaction du greffon  contre l'hôte, souvent en association). La maladie du greffon contre  l’hôte aiguë de grades II à IV semble également avoir un rôle majeur.  Ces facteurs déclenchants agissent très probablement en induisant des  phénomènes d’agression endothéliale disséminée.
De nombreux travaux  ont étudié l’effet prothrombotique de la ciclosporine A. Celle-ci est  capable de réduire l’activité de la protéine C par le complexe  thrombine/thrombomoduline à la surface de cellules endothéliales issues  de veines ombilicales humaines. Elle inhibe la production de  prostaglandine I2 à des doses représentant la limite supérieure des  doses thérapeutiques. La ciclosporine A augmente la synthèse de  thromboxane A2 chez les transplantés rénaux ayant développé une  néphrotoxicité chronique. Enfin, la ciclosporine A favorise l’agrégation  des plaquettes induite par l’adrénaline, le collagène et l’adénosine  diphosphate. 
Le tacrolimus est capable d’induire la libération de  différentes cytokines activant l’endothélium. De plus, le tacrolimus  favorise la libération de grandes quantités d’endothéline, qui est un  puissant vasoconstricteur. Cette protéine est en particulier responsable  de la vasoconstriction de l’artère rénale afférente, entravant le  passage des globules rouges et des plaquettes à ce niveau.
La réponse  aux échanges plasmatiques est décevante, ce qui suggère que cette forme  de MAT est davantage liée à une souffrance endothéliale diffuse plutôt  qu’un déficit en une protéine plasmatique. La prise en charge doit  inclure dans la mesure du possible le traitement des facteurs  déclenchants. Différentes études ont rapporté l’efficacité du  défibrotide, qui a la propriété d’augmenter les concentrations  plasmatiques de prostaglandine I2 et d’activateur tissulaire du  plasminogène, d’inhiber l’agrégation plaquettaire et de protéger les  cellules endothéliales contre la mort cellulaire par apoptose médiée par  le TNF-alpha. Cet agent a été utilisé dans le traitement des MAT  post-allogreffe réfractaires au traitement classique ainsi que dans les  maladies veino-occlusives hépatiques, avec des résultats parfois  encourageants. Dans le cas des MAT liées à une prise de ciclosporine A  et/ou au tacrolimus, l’arrêt du traitement suffit souvent à corriger le  tableau clinique de MAT.
Des thérapeutiques immunomodulatrices comme  le rituximab ou l’éculizumab ont été suggérées comme pouvant être  efficaces et mériteraient une évaluation plus systématique.