Le cyclophosphamide seul a également été employé dans le traitement du PTT, particulièrement chez les patients ayant des rechutes récurrentes (Bird, Cummins et al. 1990; Strutz, Wieneke et al. 1998). Sur un nombre très faible de cas, il a été efficace en prise quotidienne ou en bolus. Le cyclophosphamide est connu pour être un immunosuppresseur puissant, et l’on pense que c’est par cette action qu’il est efficace.